Eine einzigartige Walcker-Orgel mit Fernwerk und Organola wurde 1906 zusammen mit der damals neu errichteten Dankeskirche gebaut. 1965 wurde sie im Rahmen einer umfassenden Neukonzeption technisch, klanglich und optisch völlig verändert. Organola und Fernwerk verschwanden. Dem damaligen Musikgeschmack entsprechend wurden zu den schönen, runden, Fundament gebenden tiefen Registern helle, grelle und schrille Pfeifen in der Höhe ergänzt. Beides ergab den typischen Bad Nauheimer Klang, der sich in der hervorragenden Akustik der Dankeskirche optimal entfalten konnte. Jahrzehntelang erfreuten sich Tausende von Musikliebhabern an den großartigen Konzerten der Bad Nauheimer Organisten, von dem unvergessenen Rainer Lille bis hin zu dem jetzigen renommierten,  künstlerisch und technisch versierten Organisten Frank Scheffler sowie zahlreicher Gastorganisten aus aller Welt.

Inzwischen ist die Orgel aber in die Jahre gekommen. Schimmelpilz hat wertvolle Holzpfeifen befallen. Verschleiß führte zu mechanischen und elektrischen Mängeln. Diese wurden immer stärker hörbar und ermöglichen nur noch einen eingeschränkten Einsatz des Instruments. Teile der Orgel mussten schon stillgelegt werden. Der Organist muss zurzeit weit unter seinem und dem möglichen Potential der Orgel spielen.